Mi rispondo parzialmente da solo.
Sono riuscito a fare quello che dovevo fare modificando solo il template mako, chiaramente è una pezza, ma funziona perfettamente e non ho toccato il codice python così da poter continuare ad aggiornare il modulo da bazaar. Io consiglio comunque di aggiungere il registro corrispettivi giornaliero, oltre che per movimenti.
Mi sono accorto di un altro gravissimo problema del modulo l10n_it_vat_registries, già indicato come potenziale bug da Lorenzo Battistini e mai risolto.
Il problema che è stato indicato al termine di questa discussione
bugs.launchpad.net/openobject-italia/+bug/1221567
riguarda i totali IVA e Imponibili, vengono infatti indicati i saldi totali di IVA ed imponibile relativi al periodo e non i saldi filtrati per sezionali.
Io ho 2 sezionali, quello fatture e quello corrispettivi. Se nel wizard "Registri IVA" seleziono uno solo dei 2 mi viene creato un registro IVA che riporta correttamente solo gli inserimenti del sezionale in questione, ma totali IVA ed imponibile alla fine del registro sono errati perché includono i totali dell'altro sezionale.
Si intende risolvere questo problema???